Hacia finales del siglo XVIII, Guadalajara carecía prácticamente de instituciones de enseñanza superior. El 25 de junio de 1767 se clausuró, por órdenes del rey Carlos III, la única escuela de enseñanza superior de la ciudad, el Colegio de Santo Tomás, dirigido y sostenido por los jesuitas. Francisco Xavier Clavigero y otros maestros universitarios fueron obligados a abandonar su colegio y su patria por ser jesuitas y por haber impulsado a sus alumnos a la aventura de la investigación científica y al análisis de la realidad social y política de la Nueva España. Pero la huella que dejaron tendría frutos dos siglos después.
En Guadalajara, como en muchas otras ciudades latinoamericanas, la consolidación de la vida universitaria implicó un proceso lento y complejo. Después de muchos acontecimientos históricos, el 31 de julio de 1957, día de San Ignacio de Loyola, 111 socios fundadores —entre ellos José Aguilar Figueroa, donador de los terrenos donde actualmente está el campus— firmaron el acta constitutiva que marcó el nacimiento del Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Occidente, AC. Así se sentaron las bases del sueño de un grupo de jesuitas, familias y empresarios locales: construir una universidad diferente. Su propuesta fue combinar la formación profesional de hombres y mujeres, con pleno sentido de responsabilidad y justicia social. Se trató del segundo proyecto universitario confiado a la Compañía de Jesús en el país, luego de la apertura de la Universidad Iberoamericana, en la Ciudad de México.
Esta propuesta vio sus primeros frutos cuando comenzaron las clases de licenciatura el 23 de septiembre de 1958. Las carreras que se abrieron en ese entonces fueron Derecho, Economía, Administración de Negocios, Contador Público y Auditor, Filosofía, Maestro en Psicología y las ingenierías Química, Civil y Electromecánica. La primera generación de egresados que tuvo el ITESO, en 1963, fue de 47 jóvenes que pusieron su empeño y su confianza en la naciente institución. Hoy en día, el ITESO puede decir que ha formado a más de 35 mil profesionales en las áreas de humanidades, ingenierías y negocios.
A seis décadas de su fundación, la universidad se mantiene fiel a las Orientaciones Fundamentales que han dado sentido a su proyecto educativo: la inspiración cristiana sustentada en los valores del Evangelio; la confianza en la persona humana y su autotrascendencia como base de las tareas educativas, así como un compromiso definido con la construcción de una sociedad más humana y más justa. Esa tradición y esas orientaciones han enmarcado el quehacer del ITESO en diálogo permanente con los avances de la ciencia y la tecnología, y en respuesta a los desafíos del mundo contemporáneo.